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數學系
基於輔仁大學全人教育之精神,培育符合國家社會需求且具備專業知識與人文素養之數學人才。
物理系
由於時代的演進光電科技已不敷需求,物理系在有很好的光電研究基礎之下,加上輔大已有生科系及新成立的醫學院,更有應用科學與工程研究所之研究媒合與進修管道,跨領域研究無時不發生於理工與醫學各系之間。因此根據本系目前師資成員的研究專長訂了未來發展四大目標:「生醫光電」、「薄膜奈米材料」、「光學研究」、「科學理論計算」。
化學系
本系之教育目標是以培育國家社會所需之高級化學人材為主,教學內容除著重化學專業領域知識的傳授外,並鼓勵同學動手做實驗,手腦並用,以期與工業界相結合;此外更強調全人教育之培養,加強倫理教育,以替國家作育英才為職志。
生命科學系
本系延聘生命科學各領域中,學有專精人士,擔任本系專任教師,教學及研究並重,並強調建立密切之師生關係,積極培育生物技術專業人才。 本系自扈伯爾神父籌建以來,一直具有下列特色:教學與研究並重、密切之師生關係、優良師資。
電機工程學系
本系各班制之成立,旨在培育通訊、系統、計算機及超大型積體電路設計 (VLSI/CAD) 等方面之電機工程專業人才,以因應我國產業升級,國家發展之需求。
資訊工程系
本系所主要以培育專業資訊人才,並輔以全人教育及各種學術活動,以培育具備理論、實務與創新能力的學生。
醫學資訊與創新應用學士學位學程
隨著科技的進步,資訊設備已經普遍進入醫療的環境,產生了大量的醫學資料。現今社會對醫學資訊的需求更加的強烈。無論是對醫學資訊的管理,或是對醫學資訊的研究,皆是未來的重點。
軟體工程與數位創意學士進修學位學程
為配合國家整體建設、發展方向及社會需要,依據輔仁大學中長程校務發展計畫重點及特色,考量現有輔仁大學理工學院與藝術學院之基礎及規模,學校整體資源之合理分配及使用效益,結合本校理工學院之資訊工程學系、電機工程學系、數學系、藝術學院之應用美術系以及大眾傳播學院之影像傳播學系的教學與研究之圖書、儀器、設備及空間,符合文化創意之數位內容領域之發展趨勢及科技整合之需要,以及針對社會變遷及人力需求、學術發展需要等目標,結合產官學研,協助台灣軟體工程與數位創意產業升級,提供相關人才進修管道。
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醫學資訊與健康科技進修學士學位學程
本系之教育目標是以培育國家社會所需之高級化學人材為主,教學內容除著重化學專業領域知識的傳授外,並鼓勵同學動手做實驗,手腦並用,以期與工業界相結合;此外更強調全人教育之培養,加強倫理教育,以替國家作育英才為職志。
人工智慧與資訊安全學士學位學程
人工智慧與資訊安全核心技術除了基礎電資基礎課程,如程式設計與開發、資料結構、演算法、資料庫設計、作業系統等外,完整包含了人工智慧與資訊安全的核心知識,包括機器學習演算法、大數據分析、人工智慧相關演算方法與程式開發;資訊安全相關的資安事件處理、網路管理、資安檢測及系統管理。
應用科學與工程研究所
是一個整合了本校理工學院內之數學、物理、化學、生命科學、電機工程與資訊工程六個學系的特色而成立的博士班研究所。
軟體與網路多媒體研究中心
輔仁大學為整合校內外軟體與網路多媒體之相關研究資源,培養專業人才,提升專業領域之教學研究品質,並提供專業服務,依「輔仁大學研究中心設置辦法」之規定設立院級「輔仁大學軟體與網路多媒體研究中心」。
生醫暨光電跨領域研究中心
為使生物技術能成為輔大理工學院的教育及研究特色之一,本校理工學院於 2001 年成立生物技術研究發展中心,藉以整合理工各領域知識,並與醫學院及民生學院合作,規劃跨領域之生物技術教育課程,並藉由產學合作計晝及研討會之舉辦,加強與產業界相互交流及合作,以使本校培育之生物科技人才,不僅具備整合性之生物技術知識及研究能力,並能符合產業之實際需求,藉以加速引導人才進入學術及產業界。